Pemerintahan Desa Pamotan jauh sebelum merdeka sudah berdiri, namun sampai buku ini terbit tidak ditemukan dokumen tentang tahun berapa pertama kali pemerintahan Desa Pamotan terbentuk, hal ini tidak ada bukti dokumen pendukung namun kalau menurut cerita sebagian tokoh masyarakat Desa Pamotan bahwa sudah sejak lama di Desa Pamotan sudah terdapat pemerintahan sebagaimana urutan beberapa orang yang pernah menjabat kepala desa di desa Pamotan, diantaranya adalah:
- Pertama, Wongso Kerto, menjabat sebagai kepala Desa Pamotan pada masa penjajahan Belanda. Sebagai kepala desa pada masa penjajahan tentunya beliau tentunya tidak mudah pada saat itu pada saat itu Indonesia masih di bawah kekusaan Belanda. (-)

- Kedua, Setelah berakhirnya kepemimpinan Wongso Kerto tonggak kepemimpinan Desa Pamotan dipercayakan kepada kepala desa bernama Jono. (-)
Ketiga, H. Soleh menjabat kepala desa menggantikan Jono setelah jabatannya berakhir. (1950 - 1980)
- Keempat, setelah habis masa tugasnya lurah H. Sholeh sebagai kepala desa, kepemimpinan Desa Pamotan, dilanjutkan oleh Bapak Sadam Abdul Said. (1981 - 1989)
- Kelima, Setelah lurah Sadam Abdul Said sudah tidak lagi menjabat sebagai kepala desa, estafet kepemimpinan kepala Desa Pamotan di lanjutkan oleh Drs. Bukhori. (1990 - 2000)
- Keenam, Setelah lurah Bukhori sudah tidak lagi menjabat sebagai kepala desa, estafet kepemimpinan kepala desa Pamotan di lanjutkan oleh Supratman. (2001 - 2009)
- Ketujuh, Setelah lurah Supratman sudah tidak lagi menjabat sebagai kepala desa, estafet kepemimpinan kepala desa Pamotan di lanjutkan oleh Hj. Wiwin Andriani,
SE. (2010 - 2022)
- Kedelapan, Setelah lurah Wiwin Andriani sudah tidak lagi menjabat sebagai kepala desa, estafet kepemimpinan kepala desa Pamotan di lanjutkan oleh Moh. Rosol, S.Pd.I sampai sekarang. (2022 - Sekarang)